中央氣象署說明，凌晨2時11分時發生規模5.2地震，地震深度5公里，屬於極淺層地震。震央位於花蓮縣政府西南方50.7公里，即花蓮縣萬榮鄉。最大震度花蓮縣地區4級。
接著在不到1分鐘內發生第二震，規模4.9，地震深度13公里，震央同樣位於蓮縣萬榮鄉，最大震度是花蓮地區4級。然而，凌晨2時44分發生規模3.7地震，最大震度2級；2時51分發生規模5.1地震，最大震度3級；4時26分發生規模3.6地震，最大震度3級；4時42分發生規模3.9地震，最大震度3級。
花蓮地區在29日凌晨至清晨共發生6次地震，氣象粉專「台灣颱風論壇｜天氣特急 」也發文表示，凌晨2時11分規模5.2地震幾乎全台有感，不少民眾回應被搖醒，「嘉義很有感搖好久！」「台中高樓有感」「南投草屯有感」「左營連續兩波。」
