最誇張的是，證明頂新採購低劣油品的證據，是用不精準的快篩方法檢測頂新儲油槽的原料油，到了一審才重新用儀器重測，再以查封7個月的油品化驗數值推論頂新當時採購的油有問題，但即便過了7個月才驗，數值也未超標太多，二審法官卻還是以此推論油品品質不佳，在去年4月認定魏應充沒有落實溯源管理，致使頂新向越南大幸福公司採購不合格原料，重判他15年。
對於一、二審法院採取完全不同的法律意見，法界人士認為，二審法院就相關證據能力所採取的標準，在最高法院先前判決中已有歧異，加上全案針對外國政府出具函文，何種要件下能與台灣公文書一般，適用傳聞法則例外，可以當作認定被告犯罪的證據？
其二，檢察官起訴後，未經法院同意就進行境外取證，不符合我國有關證據調查的程序規定，是否有證據能力？實有透過大法庭制度釐清法律爭議的必要，為此，頂新律師團已向承審法庭提出由大法庭統一法律見解的聲請，希望能釐清相關爭議。
