吳宗憲等人被收押，檢方是認定國安人員屬於公務員，並以公用運輸工具裝運漏稅物品偵辦，但該法適用性引起法界討論，對於國安局派來5輛載菸的貨車，究竟是屬於公務車輛或公用運輸工具，意見分歧，將來起訴後勢必有一場法律攻防戰要打。
根據總統府說法，國安局派去載菸的5輛車，都由總統府侍衛室的特勤人員統一調度跟派車，其中包括特勤中心的車輛、侍衛室的車輛及向總統府借用的車輛。
本刊獨家掌握，國安局打算用來載菸的2輛藍白色小型及中型貨車都是向總統府借用的公務車，其中的白色中型貨車是4,104CC，至於藍色小貨車則是1,997CC，雖然相關車輛用來運私菸，形同犯罪工具，但辦案人員並未被查扣，這2車已駛回總統府。
由於關鍵的貪污構成要件是使用該運輸工具載運菸品，因此，究竟是誰同意調車，恐怕也難逃遭約談命運，若事先知道國安局借車是要用來載運私菸，更極可能成為共犯遭起訴。
全案啟動調查後，檢方已召開專案會議討論案情，由於買菸人數規模相當大，不但涵蓋各政府單位，相關人士更是政府菁英，一旦擴大偵辦，勢必如過去的教授詐領研究費案或國旅卡詐領案，造成公務體系大崩盤，血流成河景象不難想像。
因此，一般預料，未來檢方極可能將案情切割成2大區塊偵辦，亦即將買菸團切割成核心及外圍二層，主嫌部分是涉及用職務訂菸及公務車載運菸品的國安局人員以貪污罪論處，至於不知情而純粹搭便車買菸者則以觸犯3年以下的菸酒管理法論處，認罪者並以緩起訴方式處理。
