對事件爆發後傳出國安高層內鬥等傳聞，黃國昌也在直播中駁斥，強調爆料者連吳宗憲是國安局特勤人員都不知道，怎麼可能是國安局內鬥。他也是7月12日得知吳是國安局所屬人員，才向調查局舉報此案。他也強調，除非爆料者自願出面，否則到他死都不可能把爆料者身分曝光。
對華航昨深夜傳出懲處報告僅3人受懲處，最高層級為空品部副總邱彰信。黃國昌今（25日）早在立法院受訪時抨擊，這個案子就像普悠瑪出軌事件，調查都還沒有做完，輕輕地提出如此懲處名單，「是在斷尾求生嗎？還是只是企圖趕快止血、蒙混過關的煙霧彈？」
黃國昌強調，他支持交通部政次王國材無法接受華航懲處結果，因為整個社會也沒辦法接受，重點在於華航的行政調查報告應該公開，包括買了這麼多煙是誰買的、層級到哪裡？要把完整名單交出來，是最基本的誠意。
黃國昌也說，偵查不公開絕對不是違法濫權的遮羞布，尤其行政調查結果哪有什麼不能公開的道理，他呼籲華航及檢調，除了吳宗憲違法走私帶進來的9800條香菸外，還有其他違法採購的物品，昨天下午他到關務署台北關清點查扣貨品，只有9800條香菸，沒有看到其他物品，「華航內部人員違法買的東西，沒有查扣，請問東西到哪裡去了？」
黃國昌認為，當初運送貨品的貨車並沒有查扣，其他違法購買的物品現在下落不明，貨車也找不到下落，華航應出面自清。另外，總統府昨坦承運菸貨車是總統府侍衛室調派，他要求，就請侍衛室出面說清楚，派車單是誰簽的，「難道連派車單都不能公開嗎？」
