有媒體報導指出，早在翁啟惠角逐中研院長時，李遠哲便提拔陳建仁當中研院副院長，之後計畫讓陳建仁出任院長，但因蔡英文邀陳建仁擔任副手，才由廖俊智出線。該媒體則爆料，陳建仁卸任副總統後，李遠哲有意支持陳建仁重返中研院，並擔任院長一職。
對此，陳建仁在臉書上表示，此為無中生有的假新聞，嚴重悖離事實，並強調「這是空穴來風、子虛烏有的消息。」，也表示，他現階段的任務就是竭盡心力做好副總統的工作，協助蔡總統順利連任，以及民進黨立委席次過半，盡己所能地繼續捍衛臺灣的民主、自由、法治、人權、與和平繁榮。
陳建仁強調，中研院廖院長就任三年以來，對中研院的發展進步有很大的貢獻，相信他一定可以帶領中研院更上層樓，成為全球頂尖的研究機構之一。最後也呼籲「千萬不要相信假新聞」。
