熱愛跳水運動的他，2006年因不滿政府禁止民眾在新店碧潭跳水，對北縣府提出行政訴訟，爭取跳水權，但沒有成功，隔年他親赴碧潭，挑戰從21公尺高的懸崖跳水，想要以行動捍衛跳水權，卻不慎受傷，登上媒體。
2012年5月，衛生局稽查沈能俊的診所，結果因管制安眠藥「史蒂諾斯」支出、結存數量登載不實，被法院依偽造文書罪判處拘役50天，但沈卻辯稱衛生局突然查訪，他必須趕快拼湊簿冊的用藥數量，沒想到衛生局還要求他交付名冊，他只好當場亂編，反控衛生局的做法不符程序正義，最後遭法院駁回。
同年12月，沈能俊近90歲高齡的母親因腹瀉送台大醫院急診室治療，住院23天後不幸離世，沈無法接受，隔年4月起持續在臉書發文，質疑台大加護病房郭姓主治醫師仇視外省人，為賺取健保業績，將沈母騙進加護病房，甚至指控院方故意違法使用高劑量的管制藥品，猶如角頭老大虐殺母親、主治醫師舉刀殺害搶屍等，過程長達2年。
遭指控的郭醫師不堪其擾，決定對沈能俊提告，法官審理後認定，沈的言論對郭的名譽有重大侵害，依誹謗罪判沈5個月徒刑，得易科罰金，還要賠郭60萬元。
爭議不斷的沈能俊現又爆出桃色糾紛，女主角H小姐不但被沈妻提告侵害配偶權，還被指控偷竊診所的東西，讓她氣炸！H小姐指出，沈跟妻子不是第一次告病患偷竊，之前有人在GOOGLE評論說診所環境髒亂，留下一星負評，沈也反控是女病患在診所偷竊被抓才留言攻擊，由於沈目前仍在執業，H小姐才決定挺身而出，提醒女病患小心，不要像她一樣成了受害者。
針對相關指控，沈能俊承認與H小姐曾經是男女朋友，但妻子發現2人的關係之後，就沒再聯絡。沈強調自己沒有詐領健保費，也未與其他女病患有染，更不曾要求H小姐跟朋友上床，反控H小姐在診所偷竊30幾次，已對她提告。
