施明德出獄後倡議「寬恕，是结束苦痛最美麗的句點」，政治上也主張政黨大和解，以民進黨主席身分推動與新黨結盟，但招來黨內反對；1996年施競選立法院長以1票之差落敗，後與民進黨漸行漸遠，2006年他發起紅衫軍倒扁運動，與扁正式決裂，但也獲得許多非綠人士支持。晚年施仍心繫台灣，倡議和平處理兩岸問題，提出具體方案：兩岸和平處理五原則，簡稱：「大一中架構」，以及去年九月剛剛才出版的《金馬是引信，亦是誘餌？》一書，提案將「金馬非軍事區化」立法宣告「金門馬祖和平經貿特區」。
施明德在今年1月15日、他83歲當天過世，黨內對施明德的後事討論幾經波折，家屬又維持低調，讓外界如霧裡看花。其實，施生前把每年生日都當最後一次，多次向親友道別，如今與世長辭，他的女兒在臉書訃告裡說：「我們沒有遺憾，只有完整的、完美的愛。」
